Lancé en mars 2025 par la direction du PEPR SAMS, dans le cadre du projet ciblé COHORTES-MICROBIOMES et opéré par l’Inserm, cet appel a été conçu pour soutenir des travaux consacrés à la caractérisation des microbiomes humains et à l’étude des interactions hôte-microbiome de sujets sains ou de patients.
Avec des financements allant jusqu’à 250k€ (frais de gestion compris) pour des projets d’une durée de 3 ans maximum, cet appel ciblait des études fondées sur des approches méta-omiques, principalement métagénomiques et métabolomiques. Les travaux devaient s’appuyer sur des échantillons de microbiomes humains déjà collectées, ou en cours de collecte, provenant de sujets finement phénotypés et participant à des études cliniques, ou inclus dans des cohortes existantes.
A terme, cet appel vise à contribuer à l’établissement de références nationales sur les microbiomes de la population française voire internationale et à renforcer le rayonnement international de la recherche française dans ce domaine. L’identification et la caractérisation de signatures microbiomiques, ainsi que la mise en évidence de biomarqueurs prédictifs et diagnostiques, constituent encore aujourd’hui des enjeux majeurs pour la recherche sur les microbiomes humains.
Après une période de dépôts de candidatures, 68 dossiers ont été évalués selon le processus suivant :
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- Une première phase de sélection, par un jury national, visait à établir l’éligibilité technique du projet et sa pertinence scientifique
- Une seconde phase de sélection, par un jury international indépendant (Allemagne, Espagne, Italie, Luxembourg, Pays-Bas, Suède), était basée sur l’analyse des projets de recherche soumis après une phase de consolidation aux côtés de l’équipe pilote du projet ciblé COHORTES-MICROBIOMES
À l’issue de ces étapes de sélection, 12 projets lauréats ont été sélectionnés dont 3 en collaboration avec le projet Le French Gut.
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- AIMISEP – Analyse des Interactions entre le Microbiote Intestinal, l’évolution de la Sclérose En Plaques et les traitements associés dans la cohorte OFSEP HD
En collaboration avec Le French Gut
Coordinateur du projet : Éric Thouvenot
Établissement coordinateur : Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes
Durée : 3 ans
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- BACSSPA – Implication du microbiote intestinal dans la spondylarthrite à l’échelle de la souche bactérienne
En collaboration avec Le French Gut
Coordinateur du projet : Maxime Breban
Établissement coordinateur : Université Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines
Durée : 3 ans
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- BioHPV – Influence des microbiotes vaginal, intestinal, oral et cutané sur le pronostic des lésions intraépithéliales malpighiennes de haut grade associées aux papillomavirus humains : Etude prospective multicentrique de biomarqueurs pronostiques.
En collaboration avec Le French Gut
Coordinateur du projet : Judith Michels
Établissement coordinateur : Institut Gustave Roussy
Durée : 3 ans
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- ClinicObiome – La Clinique Oncologique du Microbiote
Coordinateur du projet : Lisa Derosa
Établissement coordinateur : Institut Gustave Roussy
Durée : 3 ans
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- INTERACT – Modulation par l’alimentation des interactions phages–bactéries–hôte dans les maladies cardiométaboliques
Coordinateur du projet : Lejla Imamovic
Établissement coordinateur : Sorbonne Université
Durée : 3 ans
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- KIDS-ALLERGUT – Microbiote des enfants avec des pathologies digestives atopiques émergentes
Coordinateur du projet : Anaïs Lemoine
Établissement coordinateur : Sorbonne Université
Durée : 1.5 ans
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- MicMetALD – Signatures métabolomiques et protéomiques microbiennes dans les maladies hépatiques d’origine alcoolique
Coordinateur du projet : Dragos Ciocan
Établissement coordinateur : Inserm – Délégation Régionale Paris Sud
Durée : 3 ans
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- MIDAS – Analyse longitudinale de la dynamique du microbiote anal chez des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes au Togo, en fonction de leur statut VIH, et association avec les infections sexuellement transmissibles et les lésions anales
Coordinateur du projet : Valentine Ferré
Établissement coordinateur : Inserm – Délégation Régionale Paris Centre & Nord
Durée : 1.5 ans
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- MIRACLE-CKD – Caractéristiques du microbiome et du métabolome le long du spectre de la maladie rénale chronique et de sa progression
Coordinateur du projet : Laetitia Koppe
Établissement coordinateur : Lyon 1 Université Claude Bernard
Durée : 3 ans
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- MUCKY – Impact du microbiote sur le risque de rejet aigu d’une greffe rénale
Coordinateur du projet : Antoine Durrbach
Établissement coordinateur : Inserm – Délégation Régionale Paris Sud
Durée : 3 ans
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- NutriGut-Santé – Nutrition, microbiote intestinal et santé : collecte de selles auprès des participants de la cohorte NutriNet-Santé
Coordinateur du projet : Mélanie Deschasaux-Tanguy
Établissement coordinateur : Inserm – Délégation Régionale Paris Centre & Nord
Durée : 3 ans
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- RENEGADE-IBD – Rôle des neurones entériques, des cellules gliales et de la dysbiose dans les symptômes fonctionnels persistants des Maladies Inflammatoires Chroniques de l’Intestin en phase de rémission
Coordinateur du projet : Catherine Le Berre
Établissement coordinateur : Centre Hospitalier Universitaire de Nantes
Durée : 3 ans
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- Mathilde Poyet – Kiel University, Allemagne
- Ingo Autenrieth – Heidelberg University, Allemagne
- Francesco Asnicar – University of Trento, Italie
- Corinna Bang – Kiel University, Allemagne
- Robert Jan Brummer – örebro University, Suède
- Flavio Caprioli – University of Milan, Italie
- Francesca De Filippis – University of Naples Federico II, Italie
- Mahesh Desai – Luxembourg Institute of Health, Luxembourg
- Rochellys Diaz Heijtz – Karolinska Institutet, Suède
- Mathieu Groussin – Kiel University, Allemagne
- Amira Metwaly – Technical University of Munich, Allemagne
- Francisco Javier Moreno – Instituto de Investigación en Ciencias de la Alimentación of Spain, Espagne
- Simone Rampelli – University of Bologna, Italie
- Urvish Trivedi – University of Copenhagen, Suède
- Silvia Turroni – University of Bologna, Italie
- Luisa Warchavchik Hugerth – Uppsala University, Suède
- Sasha Alexandra Zhernakova – University Medical Centre Groningen, Pays-Bas