L’État a confié le pilotage à l’Inserm et INRAE. L’ANR est l’opérateur de ce programme pour le compte de l’État.
Le programme est un réseau diversifié d’acteurs et de ressources. Il associe les acteurs de la recherche française, comme le CNRS, l’Institut Pasteur, Inria, le CEA, de grandes universités, des hôpitaux universitaires de l’Assistance publique, des centres hospitalo-universitaires et de recherche en nutrition humaine et des écoles d’ingénieurs.