Les études sur le microbiome humain indiquent qu’une altération de la relation entre l’homme et ses microbiomes est un des facteurs déterminants dans l’apparition et la persistance des maladies chroniques, qui sont devenues un problème majeur de santé publique.
La France bénéficie d’une recherche clinique et épidémiologique dynamique permettant un phénotypage clinique, biologique et nutritionnel approfondi d’un large ensemble de sujets et de patients. Toutefois, des freins financiers et techniques limitent la caractérisation des écosystèmes microbiens associés, notamment en termes de compositions, de fonctions et de métabolites, produits de leurs activités et de celles de l’hôte.
Pour répondre à ces enjeux, le projet ciblé COHORTES-MICROBIOMES du PEPR SAMS vise à soutenir les analyses qui permettront la caractérisation des microbiomes humains ou des interactions hôte-microbiome de sujets sains ou de patients très bien phénotypés participant à des études cliniques ou inclus dans des cohortes existantes. Afin d’assurer la comparabilité des données générées lors de l’étude du microbiote humain, des procédures et méthodes appropriées de recueil d’échantillons devront être suivies. Dans ce cadre, un appel à projets est organisé par l’Inserm pour le compte de la direction du PEPR SAMS dans le cadre du projet ciblé COHORTES-MICROBIOMES.
Le financement sera de 250 000 € maximum (frais de gestion compris).
Les projets éligibles auront une durée de 3 ans, incluant les phases de collecte d’échantillons (le cas échéant), ainsi que les phases techniques de traitement et d’analyses des données.
Les projets sélectionnés recevront un soutien financier pour la caractérisation de microbiomes par des analyses méta-omiques, principalement métagénomique shotgun et métabolomique. Les autres demandes d’analyses omiques devront être justifiées au regard de l’intérêt scientifique et des données déjà réunies. Plus précisément, les objectifs sont de tirer profit des données disponibles et des échantillons biologiques déjà collectés ou dont la collecte pourra être rapidement organisée afin de compléter et de valoriser les études.
Les projets doivent être en adéquation avec les priorités du pilier « microbiomes et santé » et des axes du PEPR SAMS qui visent à i) identifier des associations entre facteurs environnementaux et l’état de la symbiose microbiome-hôte, ii) des mécanismes d’interactions hôte-microbiome ou iii) des biomarqueurs liés au dysfonctionnement du microbiome humain ou iv) des approches préventives ou thérapeutiques.
En fonction de la conception de l’étude, les responsables des projets peuvent demander un financement pour les analyses métagénomiques et/ou métabolomiques voire pour d’autres analyses omiques si justifiées (sauf pour les études associées avec Le French Gut). Pour renforcer les analyses, une partie du financement peut être dédiée : i) à compléter la collecte d’informations sur les modes d’alimentation des sujets et cela de façon concomitante aux prélèvements biologiques à étudier et/ou ii) à financer des moyens humains pour l’analyse et l’intégration de données multi-omiques et cliniques.
Pour cet appel deux modalités de participation sont possibles : i) Cas général, postuler en tant que cohorte indépendante pour des analyses métagénomiques et/ou métabolomiques, ii) Cas spécifique : postuler en s’associant au projet Le French Gut pour des analyses métagénomiques de microbiote de selles humaines.
L’appel à projets se déroule en deux phases :
- une première, sélective et obligatoire, permettant d’établir l’éligibilité technique du projet et sa pertinence scientifique, évalués respectivement par un questionnaire et un mini-CV ;
- une deuxième consistant à soumettre le projet consolidé.
- Texte de l’appel : ici
- Plateforme de dépôt des dossiers (création préalable d’un compte nécessaire) : https://www.eva3.inserm.fr/login
- Contact pour toute question : equipe@pepr-sams.fr
- Contact pour tout problème technique sur la plateforme de soumission : eva.dsi@inserm.fr
- Dates de dépôt des candidatures phase 1 : 11/03/2025 – 27/06/2025 [Clos]
- Communication des résultats de phase 1 : novembre 2025 – taux de sélection global de 57%
- Dates de dépôt des candidatures phase 2 : ouverture en janvier 2026
- Communication des résultats de phase 2 : 2e semestre 2026
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- AIMISEP – Analyse des Interactions entre le Microbiote Intestinal, l’évolution de la Sclérose En Plaques et les traitements associés dans la cohorte OFSEP HD
En collaboration avec Le French Gut
Coordinateur du projet : Éric Thouvenot
Établissement coordinateur : Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes
Durée : 3 ans
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- BACSSPA – Implication du microbiote intestinal dans la spondylarthrite à l’échelle de la souche bactérienne
En collaboration avec Le French Gut
Coordinateur du projet : Maxime Breban
Établissement coordinateur : Université Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines
Durée : 3 ans
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- BioHPV – Influence des microbiotes vaginal, intestinal, oral et cutané sur le pronostic des lésions intraépithéliales malpighiennes de haut grade associées aux papillomavirus humains : Etude prospective multicentrique de biomarqueurs pronostiques.
En collaboration avec Le French Gut
Coordinateur du projet : Judith Michels
Établissement coordinateur : Institut Gustave Roussy
Durée : 3 ans
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- ClinicObiome – La Clinique Oncologique du Microbiote
Coordinateur du projet : Lisa Derosa
Établissement coordinateur : Institut Gustave Roussy
Durée : 3 ans
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- INTERACT – Modulation par l’alimentation des interactions phages–bactéries–hôte dans les maladies cardiométaboliques
Coordinateur du projet : Karine Clément
Établissement coordinateur : Sorbonne Université
Durée : 3 ans
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- KIDS-ALLERGUT – Microbiote des enfants avec des pathologies digestives atopiques émergentes
Coordinateur du projet : Anaïs Lemoine
Établissement coordinateur : Sorbonne Université
Durée : 1.5 ans
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- MicMetALD – Signatures métabolomiques et protéomiques microbiennes dans les maladies hépatiques d’origine alcoolique
Coordinateur du projet : Dragos Ciocan
Établissement coordinateur : Inserm – Délégation Régionale Paris Sud
Durée : 3 ans
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- MIDAS – Analyse longitudinale de la dynamique du microbiote anal chez des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes au Togo, en fonction de leur statut VIH, et association avec les infections sexuellement transmissibles et les lésions anales
Coordinateur du projet : Valentine Ferré
Établissement coordinateur : Inserm – Délégation Régionale Paris Centre & Nord
Durée : 1.5 ans
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- MIRACLE-CKD – Caractéristiques du microbiome et du métabolome le long du spectre de la maladie rénale chronique et de sa progression
Coordinateur du projet : Laetitia Koppe
Établissement coordinateur : Lyon 1 Université Claude Bernard
Durée : 3 ans
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- MUCKY – Impact du microbiote sur le risque de rejet aigu d’une greffe rénale
Coordinateur du projet : Antoine Durrbach
Établissement coordinateur : Inserm – Délégation Régionale Paris Sud
Durée : 3 ans
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- NutriGut-Santé – Nutrition, microbiote intestinal et santé : collecte de selles auprès des participants de la cohorte NutriNet-Santé
Coordinateur du projet : Mélanie Deschasaux-Tanguy
Établissement coordinateur : Inserm – Délégation Régionale Paris Centre & Nord
Durée : 3 ans
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- RENEGADE-IBD – Rôle des neurones entériques, des cellules gliales et de la dysbiose dans les symptômes fonctionnels persistants des Maladies Inflammatoires Chroniques de l’Intestin en phase de rémission
Coordinateur du projet : Catherine Le Berre
Établissement coordinateur : Centre Hospitalier Universitaire de Nantes
Durée : 3 ans