À l’occasion de la journée mondiale du microbiome, le programme de recherche France 2030 « Systèmes Alimentaires, Microbiomes et Santé » (PEPR SAMS) revient sur les avancées majeures de ses projets.
Présents dans notre intestin, sur notre peau ou encore dans notre bouche, les microbiotes sont au cœur de notre santé et de nombreuses avancées scientifiques récentes. L’équilibre des microbiotes est influencé par de multiples facteurs : l’alimentation, l’environnement, le mode de vie, certains médicaments dont les traitements antibiotiques répétés ou encore la pollution. Mieux comprendre ces systèmes invisibles, comment ils évoluent au cours de la vie, et leurs liens avec les maladies représente, est l’un des grands défis de la recherche biomédicale.
Pour avancer dans ce domaine, l’une des approches possibles est d’étudier le microbiote de groupes de personnes, saines et/ou malades, appelés « cohortes », sur une période donnée, afin de mieux comprendre les liens entre microbiomes, habitudes de vie, expositions environnementales et état de santé.
Le PEPR Systèmes Alimentaires, Microbiomes et Santé (SAMS) a placé l’étude de cohortes au cœur de sa stratégie de recherche pour mieux comprendre comment le microbiote influence notre santé, et trouver des moyens de le préserver afin de réduire le risque de certaines maladies. Ainsi, il a soutenu l’évènement scientifique intitulé « Liens entre les cohortes et les microbiomes » qui s’est tenu le 26 juin à Paris (UniversitéNecker). L’objectif de cette journée, organisée par le projet COHORTES-MICROBIOMES, était de faire le point sur les avancées scientifiques et biomédicales autour des microbiotes humains étudiés au sein de cohortes, qu’il s’agisse de cohortes en population générale ou de cohortes de patient·e·s.
Au cours des derniers mois, plusieurs résultats majeurs ont été publiés par des équipes de recherche françaises grâce aux financements accordés par le PEPR SAMS. Des chercheur·euse·s ont développé un outil innovant, unique au monde, permettant d’améliorer la fiabilité des analyses du microbiote fondées sur le séquençage [1]. Des équipes ont, caractérisé pour la première fois, l’évolution du microbiote associé à la muqueuse de l’intestin grêle chez des personnes atteintes de la maladie de Crohn, ciblant le plus souvent cette partie de l’intestin, dans le contexte de récidive postopératoire [2]. Des équipes ont également élucidés l’organisation spatiale des cellules et molécules composant la barrière intestinale, et apporté des informations nouvelles sur la fonction de cette barrière [3, 4, 5, 6]. Des travaux convergents ont également mis en évidence l’influence des habitudes et des additifs alimentaires sur le microbiote intestinal chez des malades atteint·e·s de pathologies métaboliques ou inflammatoires chroniques [7, 8, 9, 10].
À terme, ces avancées combinées à celles d’autres projets en cours, ou commençant en 2027, devraient permettre d’identifier de nouveaux indicateurs de l’état de nos microbiotes (biomarqueurs) et ouvrir la voie à des stratégies plus personnalisées de prévention, de diagnostic et de suivi de maladies chroniques.
Pour plus d’information sur ces avancées scientifiques et médicales françaises :
[1] Ghassemi Nedjad et al. 2025 Seed2LP: seed inference in metabolic networks for reverse ecology applications. Bioinformatics. doi: 10.1093/bioinformatics/btaf140. (Cultissimo)
[2] Dubois et al. 2026 Uncovering the Dynamics of Mucosa-Associated Microbiota in Postoperative Recurrence of Crohn’s Disease. Gastroenterology. doi: 10.1053/j.gastro.2026.01.043. (SIM-IBD)
[3] Ranson et al. 2025 Moderate increase in dietary fat induces alterations of microbiota and metabolome along the digestive tract prior to systemic metabolic changes: insights from a pig model. Gut Microbes. doi: 10.1080/19490976.2025.2587964. (JEMINI)
[4] Duquesnoy & Chassaing 2026 MBRA 3.0: integrating the mucus environment for advanced high-throughput in vitro intestinal microbiome modeling. Gut Microbes. doi: 10.1080/19490976.2026.2612804. (AddiMapping)
[5] Simpson et al. 2026 Disruption of IgA-mediated aggregation at weaning favors mucus encroachment by commensal bacteria. NPJ Biofilms Microbiomes. doi: 10.1038/s41522-026-00946-4. (JEMINI)
[6] Bonazzi E et al. 2025 Microbiota modulation by a human Paneth cell α-defensin fragment protects against DSS-induced colitis. iScience. doi: 10.1016/j.isci.2025.114310 (AddiMapping)
[7] Delaroque C et al. 2025 Maternal emulsifier consumption alters the offspring early-life microbiota and goblet cell function leading to long-lasting diseases susceptibility. Nat Commun. doi: 10.1038/s41467-025-62397-3. (AddiMapping)
[8] Lamy-Besnier et al. 2026 Gut trialogue: How diet influences mucosal immune system-microbiota interactions. Mucosal Immunol. doi: 10.1016/j.mucimm.2026.01.009 (AddiMapping)
[9] Sanz et al. 2025 The gut microbiome connects nutrition and human health. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. doi: 10.1038/s41575-025-01077-5. (COHORTES-MICROBIOMES)
[10] Hiol et al. 2025 From the laboratory to the plate: How gut microbiome science is reshaping our diet. J Nutrition. doi: 10.1016/j.tjnut.2025.08.032 (COHORTES-MICROBIOMES)