Les 31 mars et 1e avril 2026 se sont tenues les journées scientifiques annuelles du programme de recherche France 2030 Systèmes Alimentaires, Microbiomes et Santé (PEPR SAMS).
Retour sur cet événement clé dans la fédération des communautés de recherche sur les systèmes alimentaires, les microbiomes et la santé.
Ces journées avaient pour objectif de réunir les acteur·trice·s impliqué·e·s dans le programme, et ceux·celles souhaitant le rejoindre. Elles visait à favoriser les échanges sur les nouveaux projets soutenus par le programme de recherche et les avancées des projets déjà lancés. Cet événement avait également pour but de discuter de divers sujets d’intérêt pour l’ensemble des communautés de recherche tels que l’IA, la gestion des données, l’appui aux politiques publiques ou encore la recherche participative.
En début de cette première journée, Sophie Nicklaus, directrice scientifique Alimentation et Santé d’INRAE, et Chantal Boulanger, directrice de l’Institut Thématique « Physiopathologie, métabolisme, nutrition » de l’Inserm, ont offert quelques mots de bienvenue.
Ces derniers ont été suivis par des prises de parole de Thierry Doré, directeur exécutif de l’agence Agralife, et Franck Mouthon, directeur exécutif de l’agence de programmes pour la recherche en santé (APRS). Ensemble, ils ont présenté les avancées et actualités de ces agences de programmes en lien avec le PEPR SAMS.
Patrick Eparvier, responsable du Pôle Etudes et Evaluations à la direction Grands Programmes d’Investissements de l’Etat de l’ANR, a ensuite présenté la façon dont l’impact des programmes France 2030 est mesurée, en revenant notamment sur les résultats des études conduites en 2025 et ce qui a pu en être tiré concernant le profil thématique du PEPR SAMS.
Enfin, les directrices du PEPR SAMS, Sandrine Henri, Evelyne Jouvin-Marche, Emmanuelle Maguin et Sophie Nicklaus ont présenté les avancées du programme depuis l’an dernier.
Ces journées ont permis de mettre en lumière les faits marquants de projets SAMS. La première session « Faits marquants » a permis de découvrir :
- De nouveaux outils de matching bientôt disponibles en open access par le projet INTERFOOD avec Mathilde Touvier, Julie Gauvreau-Béziat et Christine Boizot-Szantai
- Les premiers environnements pour l’analyse des données de microbiome non sensibles du projet Cloud4SAMS avec Claudine Médigue et Christophe Blanchet
- Pricco, l’Observatoire des Prix en Circuits Courts au sein du projet PLAT4TERFOOD avec Grégori Akermann
- La publication « Le microbiome du jéjunum en première ligne face à l’excès lipidique modéré dans un modèle porcin » du projet JEMINI avec Axel Ranson et Karine Clément
- L’école chercheurs du projet foodXPTools avec Anne Saint-Eve
Le Professeur Benoît Lamarche, de l’Université Laval au Canada, a donné une conférence sur l’intelligence artificielle et son utilisation pour explorer les habitudes alimentaires.
Bertille Folliot, Guillaume Flament et Aude Raimbault, des cellules Europe INRAE et de l’Inserm, ont ensuite donné une présentation commune autour des opportunités de financements à l’échelle européenne pour la communauté SAMS, avant que Claude Yven, de l’ANR, ne présente le partenariat européen FutureFoodS.
Pour clôturer cette première journée, les chercheur·euse·s Jacques Sainte-Marie, Guillaume Gautreau et Selma Souihel ont réalisé différentes présentations et ont discuté de l’IA dans la recherche sur les microbiomes, les systèmes alimentaires et la santé.
Cette seconde journée a débuté avec la seconde session « Faits marquants » des projets SAMS qui a permis de découvrir :
- CroCoDeEL, un outil de détection de la contamination entre échantillons dans les données métagénomiques du projet PREANALYTICS avec Lindsay Goulet
- La favorisation des synergies et la création des outils et des références communs pour les cohortes axées sur le microbiome du projet COHORTES-MICROBIOMES avec Patrick Veiga et Bénédicte Monnerie
- Les données sur l’alimentation durable robustes et adaptées au contexte réunionnais du projet CARI avec Caroline Méjean
- La publication « MBRA 3.0 : intégration de l’environnement muqueux pour une modélisation avancée à haut débit du microbiome intestinal in vitro dans le cadre du projet AddiMapping » avec Benoît Chassaing
La matinée a ensuite été rythmée par :
- Des échanges autour de l’analyse et de la gestion des données du microbiomes avec Hugues Berry, responsable du pôle IA & numérique de l’Inserm et Guillaume Gautreau, chercheur INRAE en microbiologie computationnelle spécialisé dans l’analyse des (méta)génomes microbiens. Ces échanges ont été animés par Claudine Médigue et Nicolas Pons, co-porteurs du projet Cloud4SAMS.
- Une table ronde sur les sciences et la recherche participatives avec une présentation de Fabian Docagne, responsable service sciences et société de l’Inserm, suivie de témoignages de chercheur·euse·s ayant conduit des projets de recherches participatives : Marwân-al-Qays Bousmah (Ined), Fabienne El Khoury (Inserm), Alice Bellicha (Université Sorbonne Paris Nord) et Claire Sulmont-Rossé (INRAE)
La dernière demi-journée a débuté avec un échange autour de la recherche et de l’appui aux politiques publiques avec la présence de 3 représentants de ministères : ministère de la santé, avec Manon Egnell, de l’enseignement supérieur et de la recherche, avec Carl Caigné, et de l’agriculture, avec Erwan De Gavelle.
Pour la troisième et dernière session « Faits marquants » des projets SAMS, les orateur·trice·s ont présenté :
- Le décryptage de la « matière noire » bactérienne du microbiote humain du projet Cultissimo avec Lionel Rigottier-Gois et Alan Jan
- L’étude du comportement au sein de la plateforme Anaxem du projet GnotAnima avec Laurent Naudon et Aurélie Balvay
- La publication « Mise en lumière de la dynamique du microbiote associé aux muqueuses dans la récidive postopératoire de la maladie de Crohn » du projet SIM-IBD avec Harry Sokol
Enfin, les journées scientifiques annuelles du PEPR SAMS se sont clôturée avec un temps de présentation des synergies entre le PEPR SAMS et d’autres programmes aux thématiques connectées avec Hervé Guyomard du PEPR FairCarboN, Evelyne Jouvin-March du PPR Antibiorésistance, Rebecca Powell du PEPR Med-Ooc et Cécile Martinat et Jean-Marc Châtel du PEPR BBTI.
