Le consortium du projet ciblé Cloud4SAMS s’est réuni ces mardi 6 et mercredi 7 mai 2025 pour un workshop organisé au siège de l’Inserm à Paris. Ce projet vise à développer un espace numérique pour l’accès et l’analyse des données de microbiomes et de santé. L’objectif de ce workshop était d’identifier et prioriser les développements de fonctionnalités de la plateforme sécurisée Cloud4SAMS à travers une présentation détaillée des besoins de différents cas d’usage identifiés.
La première demi-journée était donc consacrée à la présentation de quatre cas d’usages :
- les projets Le French Gut et METACARDIS, dédiés à l’étude du microbiote intestinal ;
- un projet d’application de l’intelligence artificielle sur des données de microbiote vaginal, porté par la plateforme AuBI ;
- et enfin, un cas d’usage de banque de données métagénomiques et multi-omiques publiques, au laboratoire MetaGenoPolis.
La présentation de ces cas d’usage a permis de mettre en avant les besoins techniques (intégration, reproduction et analyse de grands volumes de données, usage de ressources IA, etc.) et réglementaires (partage de données sensibles, prise en compte de contraintes réglementaires locales, etc.) pour le développement de Cloud4SAMS.
La seconde demi-journée était l’occasion de présenter les différentes avancées du développement de Cloud4SAMS, notamment sur son environnement numérique sécurisé (cloud Biosphère de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et bulles sécurisées Arcana de l’INRIA) et sur la gestion et l’accès des données.
De plus, un des axes du projet Cloud4SAMS étant consacré au développement d’un catalogue de ressources numériques, le workshop était également l’occasion d’annoncer la création d’un nouveau groupe de travail au sein de la communauté “Microbiologie” de l’IFB : le groupe catalogue des ressources pour l’analyse des données (meta)génomique en microbiologie. Son objectif est de réunir les participant·e·s des différents projets en microbiologie de l’IFB (Cloud4SAMS, MUDIS4LS, ABRomics, etc.) et d’ailleurs afin de construire un état de l’art des bases de données, méthodes et outils nécessaires à l’analyse des données métagénomique (dans un premier temps).
La première réunion du groupe de travail a eu lieu le vendredi 16 mai 2025.
Le projet Cloud4SAMS, co-porté par l’Institut Français de Bioinformatique et INRAE, est soutenu par le PEPR SAMS, piloté par INRAE et l’Inserm, dans le cadre du plan d’investissement de l’État français, France 2030. Pour en savoir plus sur le projet, retrouvez la vidéo de présentation de Cloud4SAMS par les co-porteurs du projet Claudine Médigue et Nicolas Pons, diffusée lors de la première journée scientifique du PEPR SAMS en février dernier.