Le projet COHORTES–MICROBIOMES a organisé sa première réunion scientifique annuelle le vendredi 26 juin 2026 à l’Université Necker (Paris). Financé par le programme de recherche France 2030 « Systèmes Alimentaires, Microbiomes et Santé » (PEPR SAMS), le projet vise à accélérer la caractérisation des microbiomes humains au sein d’un large éventail de cohortes françaises, comprenant à la fois des participants issus de la population générale et des patients atteints de diverses pathologies.
Les principaux objectifs de cette première journée annuelle étaient de tirer les enseignements des initiatives nationales et européennes en matière de cohortes, de favoriser la mise en réseau et de renforcer la communauté COHORTES–MICROBIOMES, ainsi que de partager les meilleures pratiques et les avancées de la recherche sur le microbiome.
- Accueil et faits marquants du projet COHORTES–MICROBIOMES
- L’étude Le French Gut : cartographie de la diversité du microbiome à grande échelle – Patrick Veiga (MetaGenoPolis, INRAE) & Robert Benamouzig (Hôpital Avicenne de l’AP-HP)
- Études sur le microbiome dans de grandes cohortes de population : enseignements tirés du Dutch Microbiome Project et de LLNEXT – Alexandra Zhernakova (Centre médical universitaire de Groningue, Pays-Bas)
- Milieu Intérieur : comprendre les causes et les conséquences de la variabilité immunitaire chez les populations en bonne santé – Darragh Duffy (Institut Pasteur, Paris)
- Dynamique du microbiome intestinal humain : enseignements tirés du projet « Flemish Gut Flora » – Muriel Derrien (Centre de microbiologie VIB, KU Leuven, Belgique)
- L’auto-immunité en pédiatrie : principaux résultats de la cohorte ATRACtion – Adrien Schvartz (Institut Imagine, Hôpital Necker-Enfants Malades)
- Le microbiome dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin : enseignements tirés de cohortes à phénotypage approfondi – Harry Sokol (Hôpital Saint-Antoine de l’AP-HP, Sorbonne Université)
- Exploiter l’immunothérapie : données cliniques issues de cohortes oncologiques – Lisa Derosa (Gustave Roussy, Université Paris-Saclay)
- Décrypter l’obésité et les troubles métaboliques : données issues de cohortes – Karine Clément (Sorbonne Université, Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, AP-HP)
Ce programme a été élaboré conjointement par :
- le comité de pilotage scientifique de COHORTES–MICROBIOMES : Patrick Veiga (INRAE) – Marion Leclerc (INRAE) – Harry Sokol (AP-HP) – Robert Benamouzig (AP-HP) – Nadine Cerf-Bensussan (Inserm) – Karine Clément (Inserm)
- la responsable du projet Cohortes-Microbiomes : Bénédicte Monnerie (INRAE)
Le projet « Le French Gut » est une initiative nationale de science citoyenne visant à recruter 100 000 participant·e·s. Plus de 62 000 participant·e·s ont déjà été recruté·e·s et plus de 41 000 échantillons de selles ont été conservés dans une biobanque. Le projet associe la métagénomique, des questionnaires de santé et un recoupement avec les bases de données nationales sur la santé. Les avancées méthodologiques comprennent de nouveaux outils bioinformatiques, des approches de détection de la contamination et des analyses de gradients écologiques qui vont au-delà des entérotypes traditionnels. Les résultats préliminaires suggèrent des liens importants entre le métabolisme de l’hydrogène, l’alimentation, le stress oxydatif et la structure de l’écosystème du microbiome. Une exposition à long terme aux antibiotiques a été associée à des réductions persistantes de la richesse du microbiome.
Le projet néerlandais sur le microbiome a mis en évidence la puissance des cohortes longitudinales à grande échelle intégrant la génétique, les profils microbiomiques et les expositions environnementales. Les analyses ont démontré que les facteurs environnementaux sont des déterminants plus importants de la variation du microbiome que la génétique de l’hôte, bien qu’il existe des associations spécifiques entre la génétique et le microbiome. La cohorte mère-enfant LLNEXT a mis en lumière le développement du microbiome au début de la vie ainsi que l’influence du mode d’accouchement, de la santé maternelle et de l’alimentation du nourrisson. Une attention particulière a également été accordée au virome humain, en tant que composante émergente de la recherche sur le microbiome.
Le programme « Milieu Intérieur » suit 1 000 volontaires sains dont le phénotype a été soigneusement caractérisé afin d’étudier la variabilité immunitaire. L’âge et le sexe se sont révélés être des déterminants majeurs de la composition du microbiome. Des analyses longitudinales ont confirmé la stabilité du microbiome au fil du temps et ont mis en évidence des associations entre les taxons microbiens et les phénotypes des cellules immunitaires. Ces travaux fournissent un cadre de référence essentiel pour distinguer la variation biologique normale des altérations associées à la maladie.
Le projet « Flemish Gut Flora » rassemble plus de 6 000 participant·e·s et associe des prélèvements répétés à une collecte exhaustive de métadonnées. Les résultats ont montré que la stabilité et la résilience du microbiome varient considérablement d’un individu à l’autre. Des perturbations aiguës, telles que la prise d’antibiotiques, les infections et les changements alimentaires, peuvent modifier temporairement la composition du microbiome avant que celui-ci ne revienne à son état de référence personnel. Les analyses au niveau des souches ont mis en évidence des dynamiques écologiques qui restent cachées lorsque l’on analyse uniquement les espèces, et ont démontré l’intérêt des prélèvements longitudinaux répétés pour le développement de biomarqueurs.
ATRACtion est une cohorte translationnelle axée sur les maladies dysimmunes pédiatriques. Le projet associe un phénotypage clinique détaillé, un prélèvement standardisé d’échantillons de sang, d’urine et de selles, ainsi que l’intégration de données transcriptomiques, protéomiques et microbiomiques. L’un des principaux défis a consisté à constituer une population contrôle pédiatrique appropriée, ce qui a conduit à la mise en place de cohortes contrôle alternatives. Un cadre de stratification combinant des informations cliniques, des marqueurs inflammatoires et des données multi-omiques vise à améliorer la classification des patient·e·s et à favoriser les approches personnalisées.
Des cohortes de patient·e·s atteint·e·s de MICI ayant fait l’objet d’une analyse phénotypique approfondie ont révélé des altérations importantes du microbiome dans la maladie de Crohn et la colite ulcéreuse. Les profils de dysbiose variaient en fonction du sous-type de la maladie, de son activité, de l’exposition au traitement et de l’atteinte anatomique. Des modèles d’apprentissage automatique ont montré que les signatures microbiologiques pouvaient prédire les poussées de la maladie avec une précision modérée mais reproductible. Des cohortes postopératoires ont en outre mis en évidence des changements dynamiques du microbiome associés à une récidive après une résection iléo-cæcale et ont souligné l’existence de mécanismes biologiques distincts selon la localisation de la lésion.
La présentation a mis en évidence l’importance croissante du microbiome dans le cancer et l’immunothérapie. Des biomarqueurs spécifiques, notamment Akkermansia muciniphila, MAdCAM-1 et les signatures d’acides biliaires, ont été associés à la réponse au traitement. Le développement du classificateur TOPOSCORE a illustré le potentiel des outils pronostiques basés sur le microbiome. Les interventions émergentes axées sur le microbiote, notamment la transplantation de microbiote fécal, pourraient contribuer à surmonter la résistance à l’immunothérapie et à soutenir l’oncologie de précision.
Karine Clément a présenté l’obésité et les troubles métaboliques comme des pathologies multifactorielles impliquant des interactions entre la génétique, le mode de vie, l’environnement et le microbiome. Une richesse microbienne réduite a été associée à l’obésité, à l’inflammation et au dysfonctionnement métabolique. Les résultats du projet METACARDIS ont illustré l’intérêt des cohortes européennes faisant l’objet d’un phénotypage approfondi, intégrant des données cliniques, métagénomiques et métabolomiques. Ces résultats viennent étayer la stratification des patient·e·s en fonction de leur microbiome ainsi que les stratégies de prévention et de traitement personnalisées.
*Les présentations suivies d’un astérisque sont disponibles à la demande : contactez benedicte.monnerie[at]inrae.fr
La journée annuelle COHORTES–MICROBIOMES 2026 a mis en lumière l’évolution dynamique de la science du microbiome, la recherche basée sur des cohortes jouant un rôle de plus en plus important dans l’élaboration de connaissances solides et cliniquement pertinentes sur les interactions entre l’hôte et le microbiome.
À travers des études populationnelles, cliniques et translationnelles, les intervenant·e·s ont démontré comment les ensembles de données longitudinales, les méthodologies harmonisées et les approches multi-omiques permettent d’obtenir des connaissances de plus en plus solides sur les interactions entre l’hôte et le microbiome.
Au-delà des avancées scientifiques, la réunion a mis en avant la diversité et la complémentarité des cohortes s’attaquant à des défis sanitaires majeurs, allant de la variabilité immunitaire et des maladies inflammatoires au cancer, à l’obésité et aux troubles cardiométaboliques. L’inclusion des maladies dysimmuniques pédiatriques, des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, de l’oncologie et de la santé métabolique a encore renforcé l’importance d’intégrer la recherche sur le microbiome aux approches de médecine de précision.
Dans une perspective d’avenir, les discussions ont mis en évidence plusieurs priorités pour les prochaines années. Il s’agit notamment de renforcer les collaborations entre les cohortes, d’harmoniser davantage les protocoles et les infrastructures de données, d’étendre le suivi longitudinal et d’accélérer l’intégration des données multi-omiques aux informations cliniques et environnementales. Ces efforts seront essentiels pour améliorer la reproductibilité et la comparabilité des études sur le microbiome, faciliter le partage des données aux niveaux national et international, et maximiser la valeur scientifique des cohortes existantes.
À terme, le projet COHORTES–MICROBIOMES est bien placé pour contribuer à l’émergence d’une médecine de précision fondée sur le microbiome et pour favoriser la transposition des résultats de la recherche en avantages concrets pour la santé publique et les soins aux patient·e·s.
Le comité de pilotage scientifique de COHORTES–MICROBIOMES (Patrick Veiga, Marion Leclerc, Harry Sokol, Robert Benamouzig, Nadine Cerf-Bensussan et Karine Clément) ainsi que la responsable du projet (Bénédicte Monnerie) remercient chaleureusement les intervenant·e·s pour leurs contributions scientifiques et les participant·e·s pour leur engagement dans les discussions.
Un merci tout particulier aux directrices et à l’équipe du PEPR SAMS pour leur soutien continu au projet COHORTES-MICROBIOMES.
Cet événement a réuni des chercheur·euse·s, des clinicien·ne·s, des professionnel·le·s de la santé publique et d’autres acteur·trice·s impliqué·e·s dans le projet COHORTES–MICROBIOMES et sa communauté au sens large : 85 participant·e·s, dont 75 présent·e·s sur place et 10 participant à distance.
Une enquête réalisée après l’événement auprès de 25 participant·e·s a révélé un niveau de satisfaction très élevé. Tous les aspects évalués, notamment le contenu scientifique, la qualité des discussions, les opportunités de réseautage et l’organisation de l’événement, ont obtenu des notes moyennes supérieures à 4,4/5, 100 % des personnes interrogées ayant attribué à l’événement une note de 4/5 ou 5/5.
Les participants ont particulièrement apprécié la qualité des présentations et la richesse des échanges scientifiques. Parmi les suggestions pour les prochaines éditions figuraient une plus grande implication des chercheur·euse·s en début de carrière, davantage de discussions sur les infrastructures de cohortes et les biobanques, ainsi que la participation acteur·rice·s du secteur industriel et privé afin d’élargir les perspectives sur la transposition et l’application de la recherche sur le microbiome.
- Le programme PEPR SAMS (Systèmes alimentaires, microbiomes et santé) est un programme « France 2030 » doté de 58 millions d’euros, piloté par INRAE et l’Inserm, visant à mieux comprendre les liens entre les systèmes alimentaires, les microbiomes et la santé humaine.
- Ce programme s’articule autour de deux piliers complémentaires, « Microbiomes et santé » et « Systèmes alimentaires », reliés par des recherches interdisciplinaires et des études d’intervention.
- Un effort majeur a été consacré au développement de 9 projets ciblés (dont le projet COHORTES–MICROBIOMES), fournissant des ressources et des infrastructures partagées à la communauté, notamment l’intégration des cohortes, les biobanques, l’harmonisation pré-analytique, les plateformes de culturomique, le développement d’organoïdes jéjunaux, les modèles gnotobiotiques et les environnements de données sécurisés.
- Des progrès ont été réalisés dans l’harmonisation des données et des protocoles relatifs au microbiome, renforçant ainsi la comparabilité entre cohortes et permettant des analyses multi-omiques à grande échelle. De vastes études de population génèrent de nouveaux ensembles de données établissant des liens entre l’alimentation, les microbiomes et la santé.
- Les premiers résultats scientifiques et publications apportent de nouvelles perspectives sur les interactions entre l’hôte et le microbiome, les effets de l’alimentation sur la composition du microbiome et les mécanismes pathologiques liés au microbiome.
- Grâce à des appels à projets dédiés, le programme PEPR SAMS stimule de nouvelles collaborations et soutient des projets innovants à l’interface entre la nutrition, les microbiomes et la santé.
- Plusieurs projets s’orientent désormais vers la recherche interventionnelle, explorant comment des interventions alimentaires peuvent moduler les microbiomes et améliorer les résultats en matière de santé.
- Le programme a réussi à mettre en place une communauté nationale regroupant 40 organisations, 109 laboratoires, 175 scientifiques (membres du corps enseignant) et 175 ingénieur·e·s, plus de 14 cohortes et 15 biobanques.
- Un accent particulier est mis sur la communication, la diffusion et l’engagement communautaire, par le biais d’événements scientifiques, de canaux numériques, d’activités de sensibilisation et d’échanges avec les parties prenantes.
- Le PEPR SAMS renforce également sa présence internationale grâce à une participation active à plusieurs initiatives telles que le World Microbiome Partnership, le Microbiome One Health Observatory (57 cohortes humaines, soit environ 500 000 échantillons provenant de 30 pays, ainsi que 7 consortiums de cohortes impliquant plusieurs pays), etc.
- Les prochaines étapes du programme PEPR SAMS consistent à assurer le suivi des projets sélectionnés, à mettre davantage l’accent sur la promotion des projets bénéficiant d’un soutien et à lancer un nouvel appel à projets sur le thème « Sciences avec et pour la société ».