Le 9 mai 2026, le projet PREANALYTICS a publié l’article intitulé « CroCoDeEL: accurate control-free detection of cross-sample contamination in metagenomic data » dans le Nature communications.
La contamination croisée entre échantillons, qui survient lorsque de l’ADN est échangé par inadvertance entre des échantillons traités simultanément, est un phénomène qui peut fausser les résultats de séquençage métagénomique des communautés microbiennes. Non détectée, cette contamination conduit à attribuer à un échantillon des micro-organismes en réalité absents, compromettant la validité des résultats.
Les méthodes existantes basées sur des contrôles négatifs ajoutés aux plaques d’échantillons échouaient à détecter ce phénomène de façon satisfaisante. L’article révèle des contaminations critiques passées inaperçues dans plusieurs travaux fortement cités servant jusqu’alors de référence.
Dans cet article, les auteur·trice·s présentent un outil d’aide à la décision, CroCoDeEL. CroCoDeEL identifie des schémas de contamination spécifiques dans les profils d’abondance des espèces. Il permet ainsi de combler cette lacune en offrant une détection hautement sensible fonctionnant de manière fiable sans nécessiter de contrôles négatifs ou de connaissance préalable de l’ordre de traitement des échantillons.
- Lindsay Goulet, Université Paris-Saclay, INRAE
- Florian Plaza Oñate, Université Paris-Saclay, INRAE
- Alexandre Famechon, Université Paris-Saclay, INRAE
- Benoît Quinquis, Université Paris-Saclay, INRAE
- Eugeni Belda, Sorbonne Université, IRD – Inserm
- Edi Prifti, Sorbonne Université, IRD – Inserm
- Emmanuelle Le Chatelier, Université Paris-Saclay, INRAE
- Guillaume Gatreau, Université Paris-Saclay, INRAE