VIROMUNE

• Le défi global du projet 

Les bactériophages, virus infectant les bactéries, constituent les entités biologiques les plus abondantes de l’intestin humain, mais restent largement méconnus. Souvent qualifiés de « matière noire virale » du microbiome, ils sont supposés influencer l’organisation et la stabilité des communautés microbiennes. Pourtant, la recherche s’est principalement concentrée sur les bactéries, laissant des lacunes majeures concernant le rôle des composantes virales dans l’immunité et la susceptibilité aux maladies.

Les antibiotiques, indispensables en médecine, perturbent profondément le microbiome intestinal et sont de plus en plus associés à des troubles immunitaires et inflammatoires durables. Bien que les bactériophages n’infectent pas les cellules humaines, ils sont abondants aux surfaces muqueuses. Les modalités de leur interaction avec les environnements immunitaires muqueux, ainsi que l’impact des antibiotiques sur ces processus, restent mal caractérisés.

Le projet VIROMUNE vise à analyser les relations entre bactériophages intestinaux, microbiote et réponses immunitaires muqueuses, à évaluer l’impact des antibiotiques sur ces interactions, et à comprendre comment leur perturbation contribue à des déséquilibres persistants du microbiome et de l’immunité.

• Les enjeux scientifiques et sociétaux

L’usage des antibiotiques est massif, mais leurs effets à long terme sur la santé immunitaire demeurent mal compris. Les altérations de l’axe microbiote–immunité sont associées à des pathologies chroniques, à une moindre efficacité vaccinale et à une vulnérabilité accrue aux infections, générant des coûts sanitaires et sociétaux importants. Ces phénomènes sont encore majoritairement interprétés sous l’angle bactérien.

En tant que régulateurs des populations bactériennes, les bactériophages pourraient jouer un rôle déterminant dans la persistance des déséquilibres induits par les antibiotiques. Le manque de connaissances sur les interactions virus–immunité limite aujourd’hui la capacité à prédire les risques à long terme liés aux perturbations du microbiome.

En apportant une vision intégrée des interactions phages–bactéries–immunité, VIROMUNE contribuera à l’identification de marqueurs phagiques de perturbation et de récupération du microbiome, et au développement d’approches microbiome-centrées plus prédictives et durables.

• Les axes du projet

Le projet VIROMUNE s’articule autour de trois grands axes :

1. Caractérisation du phageome intestinal immunologiquement actif et de son influence sur les dynamiques phagiques et bactériennes.
2. Analyse de l’impact des antibiotiques sur les interactions phage–bactéries et la stabilité du microbiome intestinal.
3. Exploration d’approches microbiotiques fondées sur les phages pour favoriser la récupération du microbiome après perturbation antibiotique.