Le 4 avril 2025, le projet ciblé Cultissimo a publié un article intitulé « Seed2LP : inférence de graines dans les réseaux métaboliques pour des applications d’écologie inverse » dans le journal Bioinformatics.
Le projet Cultissimo vise à intégrer et développer un ensemble de techniques pour isoler, identifier et caractériser à haut débit des micro-organismes anaérobies associés à la santé humaine, afin de cartographier les microbiotes fécaux et intestinaux.
Cette étude propose une approche numérique pour prédire les nutriments nécessaires au métabolisme d’un micro-organisme. En combinant des approches expérimentales à haut débit et des approches de modélisation, les auteur·trice·s espèrent ainsi aider à définir des milieux de cultures adaptés à des micro-organismes actuellement non-cultivables.
À partir de l’information encodée dans le génome de multiples micro-organismes, des outils bioinformatiques sont capables de retrouver dans des bases de données les réactions biochimiques susceptibles de se dérouler dans les cellules.
L’ensemble de ces réactions, quelques milliers, forme un réseau à partir duquel des simulations peuvent être réalisées afin de déterminer ce qu’une cellule est capable de faire lorsqu’elle se trouve dans un environnement nutritionnel donné.
Dans cette étude, les auteur·trice·s ont posé le problème inverse : quel environnement nutritionnel utiliser pour qu’une cellule se multiplie ? Le travail publié ici correspond à une méthode pour inférer cet environnement à l’aide d’un logiciel : Seed2LP. En se concentrant sur la dépendance entre le métabolisme et l’environnement, Seed2LP est un support informatique contribuant à relever le défi multifactoriel de la culture de micro-organismes actuellement non-cultivés.
- Chabname Ghassemi Nedjad, PLEIADE – INRAE, LaBRI
- Mathieu Bolteau, LS2N – Université de Nantes
- Lucas Bourneuf, Centre Hospitalier Régional Universitaire de Brest
- Loïc Paulevé, LaBRI
- Clémence Frioux, PLEIADE – INRAE