Appel à projets COHORTES-MICROBIOMES

Les études sur le microbiome humain indiquent qu’une altération de la relation entre l’homme et ses  microbiomes est un des facteurs déterminants dans l’apparition et la persistance des maladies chroniques, qui sont devenues un problème majeur de santé publique.

La France bénéficie d’une recherche clinique et épidémiologique dynamique permettant un phénotypage clinique, biologique et nutritionnel approfondi d’un large ensemble de sujets et de patients. Toutefois, des freins financiers et techniques limitent la caractérisation des écosystèmes microbiens associés, notamment en termes de compositions, de fonctions et de métabolites, produits de leurs activités et de celles de l’hôte.

Pour répondre à ces enjeux, le projet ciblé COHORTES-MICROBIOMES du PEPR SAMS vise à soutenir les analyses qui permettront la caractérisation des microbiomes humains ou des interactions hôte-microbiome de sujets sains ou de patients très bien phénotypés participant à des études cliniques ou inclus dans des cohortes existantes. Afin d’assurer la comparabilité des données générées lors de l’étude du microbiote humain, des procédures et méthodes appropriées de recueil d’échantillons devront être suivies. Dans ce cadre, un appel à projets sera organisé par l’Inserm pour le compte de la direction du PEPR SAMS dans le cadre du projet ciblé COHORTES-MICROBIOMES.

Le financement sera de 250 000 € maximum (frais de gestion compris).

Les projets éligibles auront une durée maximale de 3 ans, incluant les phases de collecte d’échantillons (le cas échéant), ainsi que les phases techniques de traitement et d’analyses des données.

Les projets sélectionnés recevront un soutien financier pour la caractérisation de microbiomes par des analyses méta-omiques, principalement métagénomique shotgun et métabolomique. Les autres demandes d’analyses omiques devront être justifiées au regard de l’intérêt scientifique et des données déjà réunies. Plus précisément, les objectifs sont de tirer profit des données disponibles et des échantillons biologiques déjà collectés ou dont la collecte pourra être rapidement organisée afin de compléter et de valoriser les études.

Les projets devront être en adéquation avec les priorités du pilier « microbiomes et santé » et des axes du PEPR SAMS qui visent à i) identifier des associations entre facteurs environnementaux et l’état de la symbiose microbiome-hôte, ii) des mécanismes d’interactions hôte-microbiome ou iii) des biomarqueurs liés au dysfonctionnement du microbiome humain ou iv) des approches préventives ou thérapeutiques.

En fonction de la conception de l’étude, les responsables des projets pourront demander un financement pour les analyses métagénomiques et/ou métabolomiques voire pour d’autres analyses omiques si justifiées (sauf pour les études associées avec Le French Gut). Pour renforcer les analyses, une partie du financement pourra être dédiée : i) à compléter la collecte d’informations sur les modes d’alimentation des sujets et cela de façon concomitante aux prélèvements biologiques à étudier et/ou ii) à financer des moyens humains pour l’analyse et l’intégration de données multi-omiques et cliniques.

Pour cet appel deux modalités de participation seront possibles : i) Cas général, postuler en tant que cohorte indépendante pour des analyses métagénomiques et/ou métabolomiques, ii) Cas spécifique : postuler en s’associant au projet Le French Gut pour des analyses métagénomiques de microbiote de selles humaines.