Chercheur·euse postdoctoral·e sur le projet TROPHIC – Bioinformatique

Le projet TROPHIC étudie comment le microbiote intestinal influence la fonction de l’intestin et l’état nutritionnel chez les patient·e·s atteint·e·s de cancer, notamment pendant la dénutrition et la chimiothérapie. Le projet combine cohortes humaines, métagénomique shotgun, métabolomique et modèles animaux afin d’identifier des biomarqueurs et des mécanismes pouvant conduire à de nouvelles interventions ciblant le microbiote.
Le·a postdoctorant·e travaillera sur TROPHIC, ainsi que sur plusieurs autres projets financés en oncologie, infectiologie et lésions précancéreuses.

• Analyser des données de microbiome issues de cohortes humaines et de modèles murins, principalement métagénomique shotgun et séquençage 16S, avec la possibilité de travailler sur d’autres données omiques selon les projets.
• Développer et améliorer des pipelines reproductibles : contrôle qualité, profils taxonomiques/fonctionnels, statistiques et visualisation.
• Intégrer microbiome, métabolomique et données cliniques ; contribuer à des approches de biostatistique et de machine learning pour identifier des biomarqueurs.
• Travailler au sein d’un réseau multidisciplinaire réunissant cliniciens, bioinformaticiens et biologistes expérimentaux, contribuer à des publications scientifiques à fort impact et, selon l’expérience et les centres d’intérêt, jouer un rôle actif dans l’animation du groupe de travail “Post-analytique” du GEM Lyon Microbiota.

• Formation et compétences en bioinformatique, biologie computationnelle, biostatistique, data science appliquée aux sciences du vivant ou domaine proche.
• Bonne maîtrise de R et/ou Python et d’un environnement Unix/Linux.
• Expérience en analyse de données omiques ou biologiques de grande dimension.
• Une expérience en microbiome ou métagénomique est un plus, mais n’est pas indispensable. Nous recherchons surtout curiosité, autonomie, rigueur et envie d’apprendre.

• Des jeux de données riches, déjà disponibles et en cours d’acquisition, avec un fort potentiel de publications et de projets propres.
• Un environnement scientifique riche et interdisciplinaire à l’IGFL, avec ressources de calcul de l’ENS de Lyon, soutien méthodologique et interactions quotidiennes avec des biologistes.
• Une intégration au réseau national PEPR SAMS / France 2030 et à des collaborations françaises et européennes de premier plan ; un poste évolutif avec montée en autonomie selon le profil.

• Lieu : IGFL, ENS de Lyon / UCBL1, Lyon
• Contrat : 1 an, renouvelable jusqu’à 3 ans
• Début : T4 2026 – T1 2027, flexible
• Rémunération : selon expérience
• Candidature : CV, courte lettre et 2 références
• Contact : Nicolas Benech – nicolas.benech[at]chu-lyon.fr