Modèles in vivo et organoïdes intestinaux pour étudier l'interaction entre l'intestin et le microbiome dans la malnutrition et le cancer
La malnutrition touche la moitié des patient·e·s atteint·e·s d’un cancer et est associée à un risque accru de toxicité liée au traitement et de mortalité globale. Le microbiote intestinal s’est révélé être un cofacteur clé influençant l’état nutritionnel des patient·e·s atteint·e·s de cancer et des personnes en bonne santé. S’appuyant sur des résultats préliminaires solides, le projet TROPHIC, financé par l’initiative PEPR SAMS, visera à identifier les taxons microbiens et les métabolites qui pourraient servir de produits biothérapeutiques vivants potentiels ou de candidats postbiotiques à utiliser comme thérapies adjuvantes dans le cadre de la prise en charge nutritionnelle des patient·e·s atteint·e·s de cancer.
Ce poste de postdoctorant·e· est au cœur de la composante expérimentale du projet TROPHIC. Le rôle consiste à établir des relations causales entre les facteurs dérivés du microbiome, le trophisme intestinal et la récupération nutritionnelle dans les cas de malnutrition et de chimiothérapie, en utilisant une approche combinée qui intègre des échantillons de cohortes humaines avec des modèles précliniques (organoïdes et modèles murins in vivo).
- Développer et réaliser des modèles in vivo de malnutrition et de lésions intestinales induites par la chimiothérapie.
- Réaliser des expériences de colonisation gnotobiotique avec des consortiums microbiens définis et des probiotiques.
- Tester des candidats thérapeutiques (probiotiques et postbiotiques) sur des cultures d’organoïdes intestinaux humains.
- Réaliser des lectures fonctionnelles (y compris la morphologie des villosités/cryptes, EdU/Ki67, ELISA des hormones entéroendocrines, etc.).
- Superviser les étudiant·e·s et contribuer à la diffusion des résultats (publications dans des revues scientifiques et communications lors de conférences scientifiques).
- Doctorat récent en biologie, recherche sur le microbiome, nutrition ou domaine connexe. Une expertise en physiologie intestinale serait un atout considérable, mais n’est pas obligatoire.
- Expérience dans l’expérimentation murine et la culture d’organoïdes intestinaux.
- Capacité à gérer des flux de travail expérimentaux complexes.
- La connaissance du français n’est pas requise.
Le·a candidat·e bénéficiera du solide soutien technique de la plateforme SFR Biosciences pour les travaux sur les organoïdes et les expériences murines, qui comprend un personnel dédié et une infrastructure de pointe pour les études in vivo complexes et les approches gnotobiotiques.
Le·a postdoctorant·e collaborera avec des microbiologistes, des immunologistes et des clinicien·ne·s dans le cadre interdisciplinaire de l’IGFL à l’École Normale Supérieure de Lyon, une prestigieuse institution publique française qui héberge des laboratoires de recherche de pointe. Grâce à TROPHIC, le·a boursier·ère sera connecté·e à un pôle national de recherche française sur le microbiome via le PEPR SAMS, ce qui lui offrira de précieuses opportunités de réseautage et de carrière. Situé dans le Gerland-Biodistrict de Lyon, l’IGFL bénéficie de la culture dynamique de la ville et de la proximité de Paris (2 heures), des Alpes (1,5 heure) et de la mer Méditerranée (3 heures).
Le poste est vacant à partir d’avril 2026 à temps plein.
Les candidat·e·s hautement motivé·e·s doivent envoyer leur candidature (comprenant une lettre de motivation, un curriculum vitae et les noms d’au moins deux références) par e-mail à nicolas.benech[at]chu-lyon.fr avant le 28 février 2026.
Merci d’indiquer “Post-doc TROPHIC project” dans l’objet de l’email.