Cultissimo

• Le défi global du projet :
Les vertébrés supérieurs sont colonisés par des microbiotes, communautés microbiennes, qui assurent un ensemble de fonctions majeures et bénéfiques pour leur hôte, par exemple dans la stimulation du système immunitaire. La symbiose [1] établie au cours de l’évolution entre ces microbiotes et leur hôte, est aujourd’hui mise à mal par les changements récents de notre environnement (aliments transformés, antibiotiques, nouvelles mesures médicales et sanitaires) qui s’accompagnent d’un remodelage et d’une perte de diversité des communautés microbiennes. Ces modifications, notamment du microbiote intestinal, pourraient contribuer à l’émergence des maladies chroniques de société (obésité, diabètes, inflammation intestinale maladies neurodégénératives ou neuropsychiatriques). C’est pour répondre au besoin capital de mieux connaitre et comprendre les fonctions des microorganismes d’intérêt, que des approches de culture à haut débit ont été développées récemment afin d’isoler, cultiver et caractériser ces microorganismes.

Dans ce contexte, l’objectif du projet Cultissimo est d’intégrer et de développer un ensemble de techniques pour isoler, identifier et caractériser à haut débit des micro-organismes anaérobies [2] associés à la santé humaine, afin de cartographier les microbiotes fécaux et intestinaux.

[1] Association étroite de deux ou plusieurs organismes différents, mutuellement bénéfique, voire indispensable à leur survie.
[2] Micro-organismes qui peuvent se développer en l’absence total d’oxygène.

• Les enjeux scientifiques et sociétaux :

Les enjeux scientifiques sont 1) de caractériser la biodiversité des micro-organismes des écosystèmes humains ; 2) de préserver cette biodiversité patrimoniale en la conservant dans des centres de ressources biologiques ; 3) d’appréhender le fonctionnement des écosystèmes en reconstruisant et étudiant les fonctionnalités des communautés microbiennes et 4) d’isoler des souches à fort potentiel pour la santé.

Les enjeux sociétaux seront le développement de biothérapies dérivées des connaissances sur les microbiomes valorisant la recherche fondamentale en recherche translationnelle pour le bien-être et la santé humaine.

• Les axes du projet :
Axe 1 : Isolement microbien à haut débit à partir du microbiote humain ;
Axe 2 : Identification à haut débit des isolats microbiens ;
Axe 3 : Phénotypage des isolats d’intérêt et conception de consortia ;
Axe 4 : Conservation du microbiote, des isolats et des consortia.